Seit der Saison 2004/2005 wird der UEFA-Pokal nach einem neuen Modus ausgetragen. Entscheidend für die Anzahl der festen Startplätze pro Verband und die Eingliederung in den Wettbewerb bleibt dabei auch weiterhin die Platzierung in der UEFA-Fünf-Jahreswertung. Spanien führt dort zurzeit vor England, Italien und Frankreich. Deutschland liegt hinter Rumänien auf dem sechsten Platz. In die Wertung fließen die Ergebnisse aller Teilnehmer aus den Europapokal-Wettbewerben der letzten fünf Jahre ein. Derzeit gibt es in der UEFA-Fünf-Jahreswertung für einen Sieg zwei Punkte, für ein Remis einen Punkt sowie Bonuspunkte für das Erreichen des Viertel- bzw. Halbfinals und des Endspiels. Wer sich für die Gruppenspiele der Champions League qualifiziert, erhält einen weiteren Bonuspunkt.

Insgesamt gehen in der ersten Runde 80 Mannschaften an den Start, darunter auch der Tabellenvierte und -fünfte aus der Bundesliga. Insgesamt sind 32 Mannschaften für die erste Runde gesetzt, 32 weitere Teams kommen aus der UEFA-Pokal-Qualifikation und dem UI-Cup hinzu. Die restlichen 16 Plätze nehmen die Mannschaften ein, die in der Qualifikation zur UEFA-Champions-League gescheitert sind.

Die erste Runde im UEFA-Pokal wird im klassischen K.o.-Modus mit Hin- und Rückspiel ausgetragen. Danach werden die 40 qualifizierten Mannschaften in acht Fünfer-Gruppen aufgeteilt. Dort bestreitet jede Mannschaft in einer Einfach-Runde zwei Heim- und zwei Auswärtsspiele. Rückspiele gibt es nicht, das jeweils fünfte Team ist spielfrei. Nach Ende der Gruppenphase qualifizieren sich die jeweils drei besten Mannschaften jeder Gruppe für die Runde der letzten 32 Teams. Zu den 24 qualifizierten Teams stoßen auch noch die insgesamt acht Vorrunden-Dritten der Champions-League-Gruppenphase. Im K.o.-Modus werden in den vier weiteren Runden dann die beiden Finalteilnehmer ermittelt.

Regeln

Der Modus des UEFA-Pokals im Überblick: