Mit Beginn der Saison 1999/2000 wurde die Champions League auf 32 Vereine aufgestockt. Aus Deutschland sind der Meister und Vizemeister automatisch für den reformierten Europapokal-Wettbewerb startberechtigt. Der Drittplatzierte der Bundesliga kann sich ebenfalls für die "Königsklasse" qualifizieren. Er steigt in die dritte Qualifikationsrunde ein. Eine Teilnahme des Drittplatzierten der Bundesliga hängt auch davon ab, ob der Titelhalter aus Deutschland kommt und welche Platzierung der Titelhalter in der Bundesliga-Abschlusstabelle einnimmt. Den Teilnehmern dieser Runde ist im Falle des Ausscheidens ein Startplatz im UEFA-Pokal garantiert.

Insgesamt streiten 72 Teams um die 32 Plätze in der Champions League. Gesetzt sind der Titelverteidiger, die Meister aus den Verbänden 1 bis 12 der UEFA-Fünf-Jahreswertung; die Vizemeister aus den Verbänden 1 bis 6 der UEFA-Fünf-Jahreswertung sowie die drei Drittplatzierten aus den Verbänden 1 bis 3 der UEFA-Fünf-Jahreswertung (22 Teams). Qualifiziert sich der Titelverteidiger direkt für die Champions League, rückt der Meister von Verband 13 der UEFA-Fünf-Jahreswertung nach. Die übrigen Mannschaften ermitteln in der Qualifikation, die aus drei Runden (K.o.-System mit Hin- und Rückspielen) besteht, weitere 10 Champions-League-Teilnehmer.

Seit Beginn der Saison 2003/2004 wird in der Champions League nur noch eine Gruppenphase mit 32 Teams acht Gruppen und jeweils vier Mannschaften ausgetragen. Die jeweils zwei Erstplatzierten ziehen ins Achtelfinale ein. Die acht Drittplazierten steigen in die dritte Runde des UEFA-Cups ein.

Sollten nach Beendigung der Gruppenspiele zwei oder mehr Mannschaften die gleiche Punktzahl aufweisen, so zählt zunächst der direkte Vergleich der Teams untereinander. Sollte auch das noch nicht zur Ergebnisfindung ausreichen, wird das Torverhältnis in den Spielen gegeneinander zur Bewertung herangezogen. Ist dann immer noch keine Entscheidung gefallen, zählen die auswärts erzielten Tore in den direkten Vergleichen, erst danach wird das Torverhältnis aus allen Gruppenspielen herangezogen.

Nach Beendigung des Achtelfinales geht es im Viertel- und Halbfinale mit Hin- und Rückspielen im K.o.-System weiter, ehe im Endspiel auf neutralem Platz der Champions-League-Sieger gekrönt wird.

Die UEFA-Fünf-Jahreswertung bestimmt, welcher Verband mit wie viel Klubs in der Champions League bzw. im UEFA-Pokal vertreten ist, und zu welcher Phase die Klubs in den Wettbewerb einsteigen. In die Wertung fließen die Ergebnisse aller Teilnehmer aus den Europapokal-Wettbewerben der letzten fünf Jahre ein. Derzeit gibt es in der UEFA-Fünf-Jahreswertung für einen Sieg zwei Punkte, für ein Remis einen Punkt sowie Bonuspunkte für das Erreichen des Viertel- bzw. Halbfinals und des Endspiels. Wer sich für die Gruppenspiele der Champions League qualifiziert, erhält einen weiteren Bonuspunkt.